La storia comincia quando Adam e Charles Trask trovano davanti alla loro casa una giovane donna gravemente ferita e ormai allo stremo delle forze. Adam decide immediatamente di soccorrerla, mentre Charles guarda la sconosciuta con molta più diffidenza.

La narrazione torna quindi indietro di venticinque anni, nel Connecticut, raccontando l’infanzia dei due fratelli. Il padre Cyrus, ex soldato, cresce Adam e Charles sottoponendoli a una disciplina quasi militare. Charles sembra naturalmente più portato per quel tipo di educazione, mentre Adam è più sensibile e distante dal modello imposto dal padre, che non esita a sottoporlo a dure punizioni fisiche.

Nonostante tutto, quando arriva il momento di scegliere quale dei figli debba entrare nell’esercito, Cyrus indica proprio Adam. Il ragazzo non comprende la decisione, fino a quando il padre gli confessa qualcosa destinato a segnare definitivamente il rapporto tra i due fratelli: Adam è il suo figlio prediletto.

Charles vive sempre più dolorosamente la preferenza del padre. Dopo aver accompagnato il fratello da una prostituta, una sera perde il controllo e aggredisce brutalmente Adam, accusandolo sostanzialmente di avergli sottratto la vita e l’amore paterno.

Adam parte quindi come soldato e trascorre cinque anni assistendo agli orrori delle guerre indiane. Al suo ritorno trova Cyrus ormai trasferitosi a Washington e in una posizione di prestigio. Adam continua a preoccuparsi per Charles, mentre il padre sembra ancora incapace di dare al secondo figlio le attenzioni che desidera. Per ribellarsi a Cyrus, Adam decide addirittura di arruolarsi nuovamente.

Gli anni passano. La madre di Charles muore e Cyrus prova a riavvicinarsi al figlio, mentre Adam comincia a fantasticare sulla possibilità di iniziare una nuova vita in California. Charles, rimasto solo con i propri pensieri, scrive numerose lettere al fratello che Adam, però, non leggerà mai.

Quando finalmente Adam torna a casa, scopre che il padre è morto. Sistemando insieme a Charles le sue cose, i due trovano alcuni documenti dell’esercito e scoprono che Cyrus ha mentito per tutta la vita sulla propria carriera militare: non ha combattuto per anni come aveva raccontato, ma soltanto per pochi mesi, prima di essere congedato dopo aver perso una gamba.

Il dubbio diventa ancora più grande quando scoprono che il padre ha lasciato loro un patrimonio di circa 100.000 dollari. Charles comincia a sospettare che anche quell’enorme ricchezza possa avere origini poco limpide.

È proprio mentre i due fratelli discutono del padre che davanti alla loro casa compare la ragazza ferita vista all'inizio dell'episodio. Adam decide di accoglierla.

Il suo nome è Cathy Ames.

Il secondo episodio si concentra sul passato di Cathy Ames. Quando si risveglia nella casa dei Trask, la giovane sostiene inizialmente di non ricordare cosa le sia successo. Charles continua a non fidarsi di lei, mentre Adam appare immediatamente affascinato dalla nuova arrivata.

A lui Cathy confida di ricordare almeno una parte della propria storia, ma sostiene di non poter parlare per proteggere qualcun altro. Attraverso una serie di flashback scopriamo allora la sua infanzia.

Cathy cresce in una comunità molto religiosa e la serie suggerisce che possa aver subito una violenza quando era ancora bambina. Durante l'adolescenza un insegnante di latino si interessa profondamente a lei. Tra i due nascono attenzioni e scambi di regali, fino a quando l'uomo diventa quasi ossessionato dalla ragazza. Dopo essere stato respinto, si presenta ubriaco a casa degli Ames per chiedere Cathy in sposa. Il padre della ragazza lo caccia e, poco dopo, l'uomo si toglie la vita.

Il padre cerca di scoprire cosa sia realmente accaduto e arriva a picchiare Cathy per costringerla a parlare. Poco tempo dopo, però, la ragazza compie un gesto estremo: incendia la casa con i genitori all'interno, facendoli morire e lasciando credere di essere rimasta anche lei vittima dell'incendio.

Cathy scompare e negli anni successivi si prostituisce. In seguito conosce Edwards, un uomo sposato che diventa il suo amante e sviluppa nei suoi confronti un comportamento sempre più possessivo. Arriva persino a farla pedinare.

Quando Cathy scopre di essere sorvegliata, affronta Edwards e gli dimostra di non essere affatto una vittima indifesa. Ma l'uomo scopre a sua volta la sua vera identità e capisce che Cathy è la ragazza ritenuta morta nell'incendio insieme ai genitori.

La costringe così a partire con lui e, lontano da tutti, la aggredisce ferocemente, colpendola fino a crederla morta. Cathy riesce invece a rialzarsi e, gravemente ferita, raggiunge proprio la casa di Adam e Charles.

Nel presente, intanto, la sua presenza divide sempre più i due fratelli. Charles scopre anche una misteriosa valigia contenente dei gioielli e cerca di convincerla ad andarsene. Cathy racconta ad Adam di non sentirsi più benvenuta e l'uomo, ormai innamorato di lei, reagisce chiedendole di sposarlo.

Cathy accetta.

Charles riconosce però la donna e comprende che in passato si è prostituita. Dopo il matrimonio tra Adam e Cathy, lo scontro tra i due fratelli si fa ancora più duro. Quella sera Cathy prepara una bevanda per il marito e vi versa di nascosto il proprio medicinale. Adam si addormenta profondamente. Cathy raggiunge allora Charles. L'uomo tenta inizialmente di respingerla, ma la resistenza dura poco: Cathy e Charles passano la notte insieme, mentre Adam dorme nella stanza accanto.

Adam continua a coltivare il sogno di lasciare il Connecticut per trasferirsi in California. Cathy gli ripete più volte di non voler partire, ma l'uomo sembra incapace di ascoltarla e interpreta il futuro nella Valle di Salinas come la possibilità di costruire finalmente la famiglia perfetta che ha sempre desiderato. Charles rimane invece solo e deve fare i conti anche con ciò che prova per Cathy.

Poco dopo la donna scopre di essere incinta, ma inizialmente non lo comunica ad Adam. Arrivati in California, i due conoscono Samuel Hamilton, che aiuta Adam a trovare il luogo nel quale costruire la propria nuova vita. Mentre il marito è completamente assorbito dal suo progetto, Cathy tenta di interrompere la gravidanza da sola, rischiando seriamente di morire. Il medico che la visita capisce cosa è successo e la avverte delle conseguenze legali di un aborto, ma Cathy riesce a sviare i suoi sospetti.

Quando Adam scopre finalmente che diventerà padre, vive la notizia come la conferma del proprio sogno. Cathy, invece, diventa sempre più insofferente. Anche Lee, l'intelligente domestico cinese entrato a far parte della famiglia, e Samuel comprendono rapidamente quanto sia profonda la distanza tra i due coniugi. Cathy continua infatti a ripetere ad Adam che non desiderava quella vita e che prima o poi se ne andrà. Arriva infine il momento del parto. Cathy reagisce con una violenza incontrollabile e arriva a mordere Samuel mentre l'uomo cerca di aiutarla. Nonostante tutto, il parto riesce e la donna dà alla luce due gemelli.

Cathy non sembra però provare alcun desiderio di diventare madre. Appena recuperate le forze, prepara le proprie cose e comunica ad Adam di voler partire.

Questa volta l'uomo reagisce con rabbia: la spinge e chiude la porta per impedirle di uscire. Cathy finge allora di arrendersi e lo convince a riaprirla. Quando Adam lo fa, davanti a lui trova sua moglie con una pistola. Cathy gli spara e fugge.

Adam sopravvive, ma rimane completamente distrutto dal suo abbandono. Quando lo sceriffo Quinn cerca di ricostruire quanto accaduto, l'uomo tenta persino di proteggere Cathy. I gemelli, intanto, non hanno ancora un nome. Sono Samuel e Lee a spingere Adam a reagire almeno per loro. I due bambini vengono chiamati Caleb e Aron Trask.

Dopo aver abbandonato Adam e i suoi figli, Cathy arriva in un bordello di Salinas gestito dalla maîtresse Faye. Anche lo sceriffo Quinn riesce presto a rintracciarla e comprende perfettamente cosa sia successo. Adam, però, non ha denunciato la moglie e Quinn decide di non trascinare ulteriormente la famiglia nella vicenda. Cathy assume una nuova identità: Kate Albey.

Nel bordello diventa velocemente una delle donne più richieste, ma comprende anche quanto l'attività possa essere redditizia e comincia a interessarsi alla sua gestione. Con piccoli suggerimenti e interventi conquista gradualmente la fiducia di Faye e migliora diversi aspetti dell'organizzazione della casa.

Mostra apparentemente anche una certa protezione nei confronti delle altre ragazze. Quando Alice subisce la violenza di un cliente, Kate interviene personalmente per impedirgli di comportarsi nuovamente in quel modo. Faye si affeziona sempre di più a lei, fino a considerarla praticamente una figlia. La fiducia diventa tale che la donna decide di inserire Kate nel proprio testamento e lasciarle un patrimonio di circa 60.000 dollari. Una sera, però, Faye convince Cathy a bere e riemerge il lato più violento della giovane. Il mattino successivo Cathy riesce a convincere la maîtresse di aver semplicemente avuto un incubo, ma da quel momento comincia un processo molto più oscuro. Quando Faye ha dei problemi di salute ed è costretta ad assumere alcuni medicinali, Cathy sottrae altri farmaci e comincia lentamente a drogarla, indebolendola sempre di più senza che gli altri comprendano cosa stia realmente accadendo.

Infine organizza una cena durante la quale utilizza dei fagiolini contaminati dal botulino. Entrambe si ammalano, in modo da rendere la situazione credibile, ma l'organismo di Faye è ormai troppo debole per sopravvivere. Alla morte della donna, Kate eredita il bordello e il suo patrimonio. Cathy Ames è definitivamente scomparsa agli occhi del mondo. Al suo posto è nata Kate Albey, pronta a costruire il proprio impero.

Passano circa dieci anni. Caleb e Aron crescono credendo che la loro madre sia morta. La sua assenza continua però a pesare sulla famiglia, mentre Adam sembra essersi progressivamente lasciato andare, incapace di superare davvero ciò che Cathy gli ha fatto. Lee e Samuel cercano ripetutamente di scuoterlo. Alla fine Samuel decide di raccontargli la verità: Cathy è ancora viva. Ora si fa chiamare Kate Albey ed è diventata la proprietaria di un bordello a Salinas. Adam decide di incontrarla.

Il confronto tra i due diventa quasi uno scontro tra due visioni opposte dell'esistenza. Adam continua a credere nella possibilità del bene, mentre Kate sostiene di conoscere la vera natura degli uomini. Per dimostrarlo gli mostra le fotografie compromettenti con cui tiene sotto controllo alcuni dei clienti più potenti e rispettabili del suo bordello. Kate prova persino a distruggere le ultime certezze di Adam dicendogli che Caleb e Aron potrebbero non essere figli suoi, ma di Charles. Questa volta, però, qualcosa è cambiato. Adam non crolla. Al contrario, sembra finalmente riuscire a vedere Cathy per ciò che è e a liberarsi dell'immagine idealizzata della donna che lo aveva tenuto prigioniero per anni. Dopo la morte di Samuel, decide di cambiare ancora una volta vita insieme ai figli.

Lee, che per anni è stato di fatto uno dei principali punti di riferimento dei gemelli, sente invece il bisogno di inseguire il proprio sogno e pensa di trasferirsi a San Francisco per aprire una libreria.

Prima di andarsene affronta Adam su un problema fondamentale: secondo lui Cal e Aron devono sapere che la loro madre è ancora viva. Per spiegare quanto possa essere devastante crescere dentro una menzogna, Lee racconta anche la propria storia. Sua madre si era finta uomo per poter lavorare e morì durante il parto dopo essere stata scoperta e brutalmente aggredita. Lee venne estratto dal suo corpo e cresciuto dal padre. Adam continua però a rifiutarsi di raccontare ai figli la verità.

La discussione tra lui e Lee viene ascoltata almeno in parte da Aron, che comincia così a comprendere che dietro la storia della madre si nasconde qualcosa. Lee parte, ma il suo tentativo di costruirsi una vita completamente nuova non si rivela semplice. Adam, intanto, cerca finalmente di riallacciare i rapporti con Charles. Scrive al fratello dopo anni di distanza, ma scopre che è morto. Un altro pezzo della sua vita è scomparso.

Nel 1912, Lee arriva a San Francisco con l'intenzione di costruire finalmente la vita che ha sempre desiderato. Ritrova anche suo padre e il confronto tra i due lo spinge a interrogarsi su ciò che ha lasciato alle spalle. Alla fine comprende che il suo posto è ancora accanto ai Trask. Lee torna da Adam, ma questa volta pone delle condizioni: vuole avere maggiore controllo sulla gestione della casa e sull'educazione dei ragazzi e non vuole più nascondere la propria identità dietro il pidgin che utilizza davanti agli altri. Lee parla perfettamente inglese e non intende più fingere il contrario. La storia avanza fino al 1916.

Cal e Aron sono ormai giovani adulti. Aron è innamorato di Abra Bacon, mentre Adam si entusiasma per le possibilità offerte dalle nuove tecniche di refrigerazione. Immagina un'attività commerciale basata sul trasporto di verdure conservate nel ghiaccio e decide di investire nel progetto. Aron viene coinvolto, mentre Adam continua a tenere Cal ai margini, alimentando nel ragazzo la sensazione che il fratello sia sempre il figlio prediletto.

Cal, intanto, scopre quasi casualmente qualcosa sul passato della sua famiglia. Un uomo ubriaco gli parla del bordello di Kate e fa riferimento alla donna che anni prima aveva abbandonato un uomo di nome Trask. Il ragazzo comincia a indagare. Nel frattempo il passato torna a minacciare Cathy. Ethel, una donna che lavorava nel vecchio bordello, sostiene di possedere le prove che Kate abbia utilizzato dei medicinali per provocare la morte di Faye. Per mantenere il silenzio pretende cento dollari al mese. Kate accetta apparentemente il ricatto, ma prepara una trappola che permette di accusare Ethel di furto e farla cacciare dalla città.

La situazione psicologica di Cathy, però, sta rapidamente peggiorando. Comincia a sentire voci e a essere tormentata dal ricordo di Charles. Ossessionata dalla possibilità che Ethel possa tornare, arriva persino a mandare qualcuno a cercarla.

Poi scopre di essere osservata da un ragazzo.

È Cal. Madre e figlio si incontrano finalmente. Cal vuole soprattutto sapere perché Cathy abbia abbandonato lui e Aron. La donna prova a spiegargli il proprio bisogno continuo di fuggire, mentre il ragazzo le oppone qualcosa che Cathy sembra incapace di comprendere: lui è cresciuto circondato dall'amore. Durante la conversazione Cathy arriva a chiamarlo Charles. Cal comprende che sua madre è molto meno invulnerabile di quanto voglia apparire e che, dietro il suo bisogno di controllare gli altri, esiste una profonda paura.

A casa Trask, nel frattempo, arriva una pessima notizia. Il progetto commerciale di Adam è fallito: la spedizione di verdure refrigerate ha avuto gravi problemi e l'uomo si ritrova con un debito di circa 2.000 dollari. Cal decide allora di aiutare il padre. Ottiene da Lee un prestito di 5.000 dollari e propone un affare a Will Hamilton. Will pensa che l'America sia destinata  Cal investe. Il suo obiettivo è recuperare ciò che Adam ha perduto e dimostrare finalmente al padre di valere quanto Aron.

Aron viene ammesso al college, mentre gli affari di Cal procedono esattamente come previsto. La guerra fa aumentare il valore dei prodotti nei quali lui e Will hanno investito e il ragazzo riesce ad accumulare una somma considerevole. Anche il rapporto con Abra comincia a cambiare. La ragazza avverte una crescente distanza da Aron e scopre di avere molte più affinità con Cal di quanto avesse immaginato. Cathy, intanto, sta perdendo progressivamente il controllo. Continua a parlare con un Charles che esiste ormai soltanto nella sua mente e diventa sempre più sospettosa anche nei confronti di Joe, l'uomo che la aiuta a gestire il bordello.

Quando Aron torna a casa dal college, Cal ritiene finalmente arrivato il momento di ottenere ciò che desidera da tutta la vita: l'approvazione di suo padre. Durante una cena consegna ad Adam 15.000 dollari, spiegandogli di aver recuperato attraverso i propri affari molto più di quanto l'uomo avesse perso. Adam inizialmente rimane incredulo. Poi scopre come Cal abbia guadagnato quei soldi.

Per lui si tratta di denaro prodotto sfruttando economicamente una guerra che sta mandando migliaia di giovani a morire e mettendo in difficoltà numerose famiglie. Adam rifiuta quindi il regalo. Per Cal è una devastazione. Ancora una volta ha cercato di dimostrare al padre di essere degno del suo amore e ancora una volta sente di essere stato respinto, mentre Aron continua a rappresentare ai suoi occhi il figlio perfetto. Quando il fratello gli fa notare che avrebbe dovuto conoscere abbastanza Adam da prevederne la reazione, Cal decide di colpirlo nel punto più doloroso possibile. Lo conduce al bordello di Kate.

Aron scopre così che sua madre non è morta. Cathy incontra per la prima volta anche l'altro figlio e prova ad abbracciarlo, ma per Aron la scoperta è insostenibile. Fugge sconvolto. Anche Cathy crolla. Tormentata dai ricordi e ormai incapace di tenere insieme la propria realtà, ripensa a una violenza subita quando aveva circa cinque anni e al modo in cui, da bambina, si rifugiava mentalmente in Alice nel Paese delle Meraviglie, immaginando una pozione capace di renderla abbastanza piccola da sfuggire alle cose terribili.

Cathy conserva ancora la sua personale “pozione”. È morfina. Prima di morire prepara il proprio testamento, lasciando tutto ad Aron, e invia allo sceriffo Quinn informazioni che permettono di incastrare Joe, ricercato per altri crimini. Poi ingerisce la morfina e muore. Joe tenta di scappare portando con sé il denaro del bordello, ma viene intercettato da Quinn e ucciso. Lo sceriffo raggiunge quindi Adam con il testamento di Cathy. L'uomo scopre con sorpresa che la donna ha lasciato tutto ad Aron e si domanda come potesse sapere persino il nome del figlio. Cal, nel frattempo, è divorato dal senso di colpa. Confessa a Lee di aver condotto deliberatamente Aron da Cathy per ferirlo. Poco dopo Adam riceve una lettera.

Aron si è arruolato nell'esercito. La notizia provoca ad Adam un primo grave malore. L'uomo riesce a riprendersi, mentre Cal continua a portare sulle spalle la responsabilità di ciò che è accaduto. Abra gli rivela che il rapporto tra lei e Aron era già finito e tra lei e Cal emerge ormai chiaramente un sentimento. Poi arriva dal fronte un'altra lettera. Aron è morto in guerra. Adam ha un secondo collasso, molto più grave del precedente, e rimane paralizzato. Cal è convinto di aver causato tutto: ha portato Aron dalla madre, Aron è fuggito e si è arruolato, e ora suo fratello è morto mentre suo padre sta morendo. È Lee a intervenire un'ultima volta.

Davanti ad Adam gli ricorda che Cal è ormai l'ultimo figlio rimasto e che lasciarlo vivere con la convinzione di aver distrutto da solo la propria famiglia significherebbe condannarlo per il resto della vita. Le tragedie dei Trask non nascono da una singola azione, ma attraversano generazioni di padri e figli, fratelli, segreti, preferenze e ferite mai risolte. Adam riesce infine a pronunciare una sola parola: “Timshel”. “Tu puoi”.

Cal non è obbligato a diventare Cathy. Non è condannato a ripetere gli errori della propria famiglia. Quello che è successo non può essere cancellato, ma ciò che farà della propria vita dipende ancora da lui. Padre e figlio riescono così a riconciliarsi e La valle dell’Eden si chiude lasciando, dentro una storia attraversata dalla tragedia, un'ultima possibilità di speranza.

Il finale riporta l'intera storia alla domanda che attraversa entrambe le generazioni della famiglia Trask: siamo destinati a diventare ciò che la nostra storia familiare sembra aver deciso per noi? Adam e Charles sono cresciuti combattendo per l'amore del padre. Anni dopo, Cal e Aron finiscono intrappolati in una dinamica simile. Cal teme di aver ereditato la parte più oscura di Cathy e interpreta continuamente l'affetto che Adam prova per Aron come la dimostrazione di essere il figlio sbagliato.

Ma proprio l'ultima parola pronunciata da Adam spezza questa idea. Timshel significa “tu puoi”: la possibilità di scegliere. Cal porta con sé il proprio passato, gli errori che ha commesso e le conseguenze delle sue azioni, ma niente di tutto questo stabilisce automaticamente ciò che sarà in futuro.

La conclusione non cancella la tragedia. Cathy e Aron sono morti, Adam è gravemente malato e la famiglia Trask è stata devastata da decenni di conflitti. Eppure Cal riceve qualcosa che Adam e Charles avevano faticato ad avere dal loro padre: la possibilità di non essere definito per sempre dai suoi errori. È qui che la storia chiude il cerchio. Dopo due generazioni dominate dalla paura di ripetere il passato, La valle dell’Eden termina affermando che l'eredità familiare può spiegare chi siamo, ma non deve necessariamente decidere chi diventeremo.